首先，无论是交大MBA还是复旦MBA，都是第一梯队。两个学校也都和国外的名校有合办的项目，整体MBA含金量不相上下。其实，判断一个MBA院校怎么样，除了基本的院校排名，院校认证之外，主要还是看你自己目前的工作状态以及未来发展方向。
从办学时间和院校风格来说，复旦MBA相对来说办学时间久一些，比较注重文科。交大MBA综合性更强，创业氛围比较浓厚，偏理工科多一点，制造业、电子信息行业或想创业的考生较多。
从研究方向上来说：复日大学MBA研究方向有国际经营、市场营销、财务管理、信息管理与电子商务、物流管理、创业与创业投资、金融机构管理、会计、体育产业、医院管理等；交大MBA的研究方向包括：国际商务与企业管理方向、市场营销与策略方向、创业与投资方向、人力资源与组织管理方向、物流与供应链方向等。
从面试难度上来说，复旦MBA对于面试优秀名额没有名额限制，只要你符合面试优秀的标准即可给出C线，无论何时面试都是一样的标准；交大MBA则对于面试优秀名额有着名额限制，一般情况下不超过总体报考人数的30%，因为交大面试优秀线就是国家东部线，需要通过控制面试名额来控制录取人数，所以越早面试越好。
从录取差异上来说，复旦MBA在面试的时候给出了A/B/C线，如果联考笔试过了复旦自划的分数线，即可直接录取；而交大如果不是C线，则需要进行排名，相对来说，拿到非C线的淘汰率会更大一些。另外复旦没有复试，而交大不管是什么线资格录取，都需要参加复试，复试就是政治笔试，往年交大MBA在政治复试阶段还会淘汰一批考生。
总体来说呢，交大和复旦的EMBA项目含金量都是相当高的，还是要根据你的情况来选择合适合适的学校，明确自己的定位，考虑未来的发展方向与目标。
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